Bu okulun yerinde çok önceleri Fatih’in ikinci eşi Dülkadiroğlu Süleyman Bey’in kızı Sitti Şah için yapılmış ve Sitti Şah’ın ömrünü geçirdiği bir saray vardı. Daha sonra buraları Merzifonlu Kara Mustafa Paşa’nın olmuştur.
Bizans döneminde ise bu alanda bir Latin mezarlığı bulunmaktaydı.
1881’de Vali Kadri Paşa şimdiki ilköğretim okulunun yerine bir Rüştiye Okulu(Mektebi) yaptı.
1886’da Vali Hacı İzzet Paşa binaya yeni bir yapıyı da katarak burasını Mülkiye İdadisi’ne çevirdi.
1892’de bu okul yatılı oldu.
1909’da Vali Hacı Adil Bey binanın üstüne bir kat daha çıkarak Sultani Mektebini kurdu.
1912-13’te Balkan Savaşı’nda hastahane olarak kullanıldı.
Derler ki; Edirne Lisesi’nin sarı kırmızı renkleri bu dönemde ortaya çıkmıştır. Anlatılanlara göre; Okulun duvarları sarı boyalıdır ve hastanede yatan yaralıların kanı duvardaki sarı renkle buluşunca sonraları ve günümüzde kullanılan sarı-kırmızı belirginleşir...
Binanın orjinal durumundaki 4. katı 1953 depreminde yıkıldı.
Sonraki yıllarda bina Edirne Lisesi’ne bağlı ortaokul oldu. Atatürk adıyla bağımsızlaşması sonraki yıllardadır.
1913-14’te tekrar okul yapıldı.
1920-22 Yunan işgalinde kapalı kaldı.
1923-24’te yeniden açıldı ve lise oldu.